Le rôle portuaire de Bayonne s'inscrit très tôt dans l'histoire de la ville.

Au Moyen Age, Bayonne devient véritablement un port maritime et fluvial qui connaît son âge d'or entre le 12ème siècle et le 14ème siècle, au temps de la suzeraineté anglaise.
Installée à la confluence du fleuve Adour et de son affluent la Nive, zone appelée « la grand mar », la ville déploie ses activités maritimes sur les deux rives de la Nive. 

De plus, gagnée sur les barthes ou plaines amphibies, la ville basse est le quartier des « ports » intérieurs c’est-à-dire des canaux remontés par la marée sur lesquelles circulent des petits bateaux tels les tilholes et les galupes.

La réputation du port repose en grande partie sur celle des chantiers navals construisant des navires de haute mer (nefs, galées, pinasses…).
Les relations commerciales sont prospères avec la Navarre, la Flandre, les villes hanséatiques et surtout avec l’Angleterre.

Pour favoriser cette activité essentielle pour la ville, les Bayonnais n'ont de cesse de lutter pour maîtriser le fleuve et son embouchure sur l'océan Atlantique.
Durant le Moyen Age, l’Adour se jette dans la mer à Capbreton, véritable avant-port à une quinzaine de kilomètres de Bayonne.
Vers 1410-1430, des phénomènes naturels provoquent le déplacement de l'embouchure plus au nord, à 32 km de la ville, entraînant la décadence des activités maritimes.

En 1578, à la suite d'un chantier colossal mené par l’ingénieur Louis de Foix, un estuaire artificiel est créé à 6 km de la cité.. Cette ouverture du Boucau neuf bonifie la ville et les pays des environs… 

 

La nef est un navire de haute mer à mat unique, bordage à clin et gouvernail axial (dit aussi gouvernail d'étambot) " à la bayonnaise" ou "à la navarresque" Sculpture de la clé de voûte du bras sud  du transept  cathédrale de Bayonne  (photo association Lauburu)	Carte collée sur toile, dessinée à la plume et aquarellée, datant de 1840 (archives CCI Bayonne)
Extrait de la carte de 1840 présentant l'embouchure à Capbreton au Moyen Age (jusqu'en 1410 - 1430) Bayonne est , par voie fluviale, à 15 km de l'océan atlantique	Extrait de la carte de 1840 présentant l'embouchure à Vieux-Boucau, de 1410-1430  à 1578 : Bayonne est, par voie fluviale  à une trentaine de km de l'océan atlantique.
Extrait de la carte de 1840 présentant l'embouchure créée en 1578  oeuvre de Louis de Foix (avant les travaux)	Partie relevée de la carte.Désormais, Bayonne est à 6 km de l'océan (après les travaux)